福王朱常洵是万历最喜欢的三儿子，为了把他立为太子，万历与朝廷众臣常年对峙，后终因反对汹汹，而不得不把他分封到河南洛阳。万历为了补偿他，先是给了两万顷良田，然后把没收的前首辅张居正的家产也都给了他，接着又把江都到太平沿江的杂税和四川的盐税、茶税也给了他。然而，福王还不满足，请求每年再给他一千三百引（每引为两百斤）的淮盐，由他在洛阳设店销售，万历竟也爽快的答应了。河南地区原本吃的是河东盐，福王获得淮盐专营权后，下令河东盐一律不准销售，从而把运营上百年的盐政一举扰乱。河东盐销量锐减之后，与之挂钩的军需边饷也没有了着落。朝臣向万历上奏，希望改赐福王河东盐，而且最好不要与民争利，万历不准。
国营事业的权贵化是政体下的必然趋势，不过在万历之前，权贵大多以贪污、与盐商勾结等方式获利，到了“福王开盐店”便已是公然的化公为私了。在这样的示范之下，各州府县衙门前的那个“皮场庙”便成为一个最最残酷而可笑的摆设了。
而所有这一切，还不是最恶劣的。
1597年前后，心思已经完全钻到钱眼里的万历干出了一件动摇国本的乱政之事，他向全国广派矿监、税使，从而惹下“矿税之祸”。
此时的万历，已经执政长达二十五年，因平定宁夏、播州叛乱以及东征援朝，朝廷耗费上千万两白银，再加上宫廷靡费日增，一时国库大空。1597年（万历二十五年），紫禁城里发生大火，三殿两宫――皇极殿、建极殿、中极殿、乾清宫、坤宁宫，遭灾难性破坏，万历大急，就想出了开矿、征税的敛财招数，一时间，手握皇令的矿税太监奔驰大江南北，所谓“天下在在有之。”
派太监们去开矿、征税原本就是一件很荒唐的事情。开矿是一个技术性很强的工程，不是几个太监在短时间内就能完成的，有些地方名为有矿，实际开采不出什么东西，太监们强令富户承包，不足之数由富户赔偿；或由地方政府承包，不足之数动用地方财政抵充。这样一来，开矿徒有其名，不过是以开矿为幌子的一种摊派而已。而征税太监的派出，则意味着在原有的钞关之外增设了新的征税点，造成了对行商货物的重复征税，长江沿岸商业口岸林立，弊端尤为显著。于是，矿监税使很快成了“合法的强盗”。吏部尚书李戴记载了当时的恐怖景象：矿监、税使们指着一个屋子恐吓说，“这户人家有矿！”这一家应声就破产了，指着另外一个屋子说，“这户人家漏税！”这一家马上就钱财全空了。（指其屋而恐之曰：“彼有矿”，则家立破矣；“彼漏税”，则橐立罄矣！）
矿税太监们所到达的地方，往往是工商经济比较发达的地区，他们的野蛮苛敛,很快造成了“贫富尽倾,农商交困”的景象。万历二十九年,税监孙隆到苏州督税,不论织机和纺织品都“广派税额”,凡织机一张每月纳税银三钱,才许开织;纺织品每匹抽税银三分,才许出售。于是,“机户皆杜门罢织”、“相率改业”,而“佣工无所趁食”,织工失业的有数千人,染工失业者也数千人,他们“岌岌乎,无生路矣”。税监鲁保在浙江征税更是搞得“家家闭户割机”,那些“贫匠倚织为命”的也失去了生计。闻名全国的山西潞绸最盛时，长治、高平、潞州三卫共有绸机一万三千余张，经矿税太监们的劫掠，只剩下二千余张。
从制度的角度来看，矿税大兴,实质上是万历对国家财政制度的一次大破坏，矿税太监是皇帝直接委派，又直接向内库进奉，不受中央与地方政府财政监督，这等于把政府的钱扫入皇室。矿税大兴期间，“凡店租、市舶、珠榷、木税、船税、盐茶鱼苇及门摊商税、油布杂税,无不领于中使”，对此，主管财税的户部尚书赵世卿愤怒地说:自矿税大兴以来,户部的各项税收为之大减，地方的税缴不上来，国库几乎空掉了。
因此，“矿税之祸”是权贵经济的一个极端案例，而主导者竟然是皇帝本人。
后世学者曾一再统计，如此大动干戈的横征暴敛到底所得多少。据计算，从万历二十五年到万历三十四年的十年间，矿税太监向内库共进奉569万两白银，平均每年进奉五十余万两白银。在这个数字的背后，存在两个相关的结果：万历拿到的矿税收入约等于全国关税和商税的总额，而太监们所得则是万历的九到十倍。
很显然，太监成了这场敛财运动的最大得益者。据时任内阁辅臣赵志皋说，矿税太监以官府的名义剥削百姓，将公家财富据为私有，上缴给皇帝的不过十分之一，落入自家囊中的则占到十之。也就是说，贪污率高达百分之八十至九十。也正因此，太监成为明代中期最富有的一个群体。
以广东税监李凤为例子，据揭发，他“明取暗索，十不解一，金玉珠宝堆积如山，玲珑异物充塞其门”，贪污白银达到五千万两，其他珍宝还不计在内。他从万历二十七年到三十四年，向内库进奉的税银仅仅只有三十六万两，贪污的银两是八年间进奉税银的一百三十九倍，令人瞠目结舌。从现有的史料看，李凤就是当时的首富。
可能万历自己都心知肚明，矿税政策不是治国的正道，所以，他多次公开下诏，承诺紫禁城里的几个宫殿修复之后，就立即停止。然而，“矿税之祸”前后绵延长达十年之久，算得上是一场“十年浩劫”。
在朝堂之上，它遭到众多官员的抗议和抵制，《明史·华钰传》说，自矿税兴，中使四出，凡阻挠矿税太监横行的地方官，都遭到诬陷，神宗一闻谤书，圣旨立下，先后惩处的地方官不下二十五人。1606年，云南官民不堪税监杨荣的滋乱，把他抓住处死，投尸于烈焰之中，万历闻讯后怒气冲天，竟至绝食数天，直至皇太后劝解，阁臣上疏安慰，才消气进食。
在民间，“矿税之祸”弄得天怨人怒。自古富足的江南水乡流传一首《富春谣》，词曰――
“富阳江之鱼，富阳山之茶。鱼肥卖我子，茶香破我家。采茶妇，捕鱼夫，官府拷掠无完肤。昊天胡不仁，此地亦何辜。鱼胡不生别县，茶胡不生别都。富阳山，何日摧！富阳江，何日枯！山摧茶亦死，江枯鱼始无。山难摧，江难枯，我民不可苏！”
“山摧茶死、江枯鱼无”，老百姓已经发出了这样的诅咒，受祸之深，可以想象。
十年之间，在摧残逼迫之下，民间引发了多次市民和商人的反抗事件，有史可查的有临清民变、湖广民变、苏州民变，江西民变、辽东民变、云南民变和福建民变等等，这是中国古代史上极少见的、不属于“农民暴乱”范畴的市民反抗行动。
山东临清自古是中国北方的商贸中心，京杭大运河穿城而过，是南北商品转运的重要通道，号称“漕挽之喉”、“萃货之腹”。明宣德年间，政府在全国最重要的商贸中心设置了七个钞关，分别是河西务、临清、苏州、九江、杭州、淮安和扬州，其中，临清每年所得关税遥居各大钞关之首。对于这样一个财税重地，万历自然不会放过，他派出最信赖的太监之一马堂坐镇此地。马太监急于表现，在临清的新城、旧城内遍布税吏，凡遇背负肩挑米豆杂粮的小贩统统要缴纳杂税，以致小商小贩不敢到城里作买卖，小民生理顿时受到很大影响，终于在1599年（万历二十七年）四月二十四日激发民变。
当日下午，有商贩小民三四千人，聚众包围了马堂的税监衙门，大声抗议，衙门兵丁手持弓箭、木棍射杀数人，于是众心忿激，一齐冲进门内，放火焚烧，衙门尽被烧毁。在内外互殴及践踏中，死亡三十多人。此次暴乱的发起者是临清商贩王朝佐（“以负贩为业”），他向衙门自首，被公开处死，“临刑神色不变”，围观者数千人，无不为之叹息泣下。
《明史》记载了王朝佐被处死后的一个细节：临清知府李士登亲自前往抚恤他的母亲和妻子，当地市民立祠堂祭祀他。这是一个不同寻常的举动，表明矿税政策不但遭到民众反抗，甚至连地方官员也公开站在了太监们的对立面。
临清民变是“矿税之祸”造成的第一个公开反抗事件，在朝野引起很大的风波，连传教士利玛窦也注意到了，他在《中国札记》中记录道：“皇帝派太监们出去收税，其实就是掠夺。其中一个名叫马堂，住在著名的临清港。当地的居民和驻军奋起反对他，烧毁了他的家，杀死他所有的家奴。他若不是化装逃跑，避开了愤怒的人群，自己也会遭遇同样的命运。但是恐惧并没有结束他的贪婪，人们说他自从遭了那场灾难后，变得比以前更坏了。”
在马堂的治理下，临清工商业饱受蹂躏，民变发生三年后，户部尚书赵世卿向朝廷报告，临清原有缎店三十二家，关闭了二十一家；布店七十二家，关闭了四十五家；杂货店六十五家，关闭了四十一家，商业极度萧条。
在明史上，比临清民变更出名的是发生在1601年的苏州民变。
被万历派到苏州的太监名叫孙隆，他勒令苏州丝织业机户，凡织机一架加征税银三钱，一时人情汹汹，讹言四起，机户们纷纷关门罢织，被雇佣的织工（“织佣”）面临失业饿死的威胁。孙隆还在苏州的六门水路孔道设立税卡，一只鸡、一把蔬菜过去，都要缴税（“只鸡束菜，咸不得免”）。六月，苏州爆发民变。文秉的《定陵注略》和沈瓒的《近事丛残》详细记载了整个经过：
时年33岁的葛成是昆山的丝织商贩，他见商贾织工都苦于孙隆的盘剥，就挺身而出说，“我愿意带头，为苏州民众剿乱。”他约了几十个人聚会于苏州玄妙观，大家约定，“所有人的举动，都以葛成手中的芭蕉扇为指挥棒。”
六月六日那天，苏州街头突然出现二十七个蓬头赤脚的人，穿着白布短衫，每人手中都持着一把芭蕉扇，他们跑遍城内的税官住宅，焚烧、捣毁所有家具，把税官绑扯到大街上殴打，税官黄建节等人被当场击毙，有的税官跳进河里逃命，也被抓起，打得两眼突出，到死为止。闹事的人逐渐增多到上千人，四周围观者更多达万人，带头的葛成提出“罢税”要求，还贴出告示晓谕大众说：“税官作恶，民不堪命。我等倡议，为民除害。今大害已除，望四民各安其业，勿得借口生乱。”俨然是一场有组织的抗议行动。苏州知府不敢派兵镇压，与葛成谈判，好言相慰。
这场风波持续了三天，整个苏州城“若狂三昼夜”，孙隆吓得连夜逃往杭州。到了第五天，道府才出面平定民变，葛成前往自首，说，“我是带头的，杀我一人就可以，不要牵连别人，如果株连平民，一定会引发更大暴乱。”最后，官府判葛成死刑，却一直不敢杀他，关了十三年，就把他悄悄放了。葛成到1630年才去世，这已是崇祯三年。葛成活着的时候就成了江南一带的民间英雄，时人称之“葛贤”、“葛将军”，在他死后，苏州市民在虎丘山前建葛将军庙祭祀他。
在后世的很多史书中，苏州民变和葛成的事迹被看成是明代中后期市民社会成熟以及资本主义萌芽的佐证。而事实上，这些民变对制度和法理的挑战是羸弱的，对社会进步并没有发生决定性的推进――无论是临清还是苏州的民变，都没有终止“矿税之祸”，也没有引发制度变革，因而，最终是悲剧性的。