嘉靖皇帝朱厚熜去世后，留下的是一个烂摊子。当时，各种弊政存在，吏治腐败，官民矛盾重重，这时的大明王朝，民众受心学影响，思想也更加自由开放，传统道德观念受到强烈冲击，被压榨后的农民忍无可忍，起来造反暴乱。
在经济方面，沿海渐已发达，但土地兼并严重，民间一片繁荣，政府却因特层权贵免于收税，使国库税收锐减，百姓因没有土地而流离失所，而长期的官风腐化，也使得官吏效率低下，积案要案未能及时侦破，有令不行，许多措施得不到真正执行。。
以前南方倭寇骚扰，虽然有俞大遒、戚继光等名将，然而倭寇流窜各地，十分狡诈恶毒，连续战争也使得将士疲惫，国库告急；北方有鞑子时不时来骚扰，兵犯大同辽阳一带，抢掠百姓，辽阳指挥王承德战死，持续不断的抢杀掳掠，使百姓将土地抛弃，出现成片的荒地。
穆宗自继位后，面对内忧外患，国库空虚的局面，他决心励精图治，割除陈弊，推出新政。他听取大臣意见，结合自己在民间所见所闻，采取一系列为民措施，让大明王朝焕发生机。刚继位后，穆宗便下令，撤掉嘉靖帝在西苑所建修仙宫殿匾额。
因为嘉靖皇帝偏爱道教，那些钻营投机分子，便大肆修建道馆，铺张浪费，奢靡成风。对于道士炼丹打蘸等行为，穆宗十分厌恶。在下令对亲近嘉靖皇帝的道士绞杀后，对很多道馆进行关闭，使这些蒙吃混合的人，妄想在皇上面前能够混上荣华富贵无耻之徒，偃旗息鼓。
接着解决了香料用品耗费，根据户部汇报，每年有数十万斤香料用品，在广东采办及顺天府召商收买，使得朝廷费用极大，而百姓心生怨言，应该按照出产地征派，可以节省一大笔费用，这样对朝廷百姓都有利，众臣拍手赞成。
穆宗采取大臣意见，完善科举考场事宜。两京乡试主考官选用品学兼优者提任，不宜论资排辈。两京同考官应广取正卷呈送主考，主考也可亲自检阅落卷，有特殊才能者可以破格录取。主考官只发初场试卷。然后给同考分别校阅，不宜专委一人，以免遗漏真才实学之士。考卷要严格样本，限定字数，违者不与复录。发榜之日，将考取人的试卷交提学官查验，以防伪滥，杜绝作弊。
对于边防一事，讨论方案，选派合适人选到北部边界。先前在朝堂上争论不休的北部边界人选，最后选定谭纶去上任。谭纶本是浙江按察副使，在抗倭战役中立下赫赫战功，与戚继光是上下级关系，谭纶调任蓟辽总督，此时倭寇渐已渐渐被赶出边界，不敢冒然来骚扰。
他启用抗倭名将戚继光总管京城门户防卫与东北边防，戚继光的车马阵就此发明；任用曹邦辅为兵部侍郎，王崇古任宣大总督，主管剿匪事务，由此边防大定。另外，穆宗又升任李成梁为辽东总兵，大修战备，积极防御东北边患。
穆宗用徐阶，高拱，李春芳，张居正等几位贤臣，除陈革弊，平反冤狱，宣布“自正德十六年以后，至嘉靖四十五年十二月以前，将嘉靖朝时言官御史上书获罪之人，都予以平反，这样大开言路，也为朝堂大臣争辩创造了条件。
穆宗通过民间生活了解和南京一行，对乡民生活艰难颇是理解同情，派出忠诚正直的监察御史，到各地去检查土地使用情况，目的是抑止土地兼并，限制霸田，让大臣制定了勋戚宗室依次递减制度，清理田产，清查弄虚作假、倒卖钱粮和皇室宗戚田庄。
穆宗深感吏治腐败问题，多次召集徐阶，高拱商议，曾下大力气重重整治，对五品以上官员，三年一考察，六年大考察，京城官吏为此不敢懈怠，战战兢兢，恪尽职守，出现了相对清明廉政的局面
隆庆二年，张居正看到穆宗励精图治，便信心百倍，决定上书穆宗，举出《陈六事疏》。他根据正德、嘉靖两朝以来的官场积弊，从省议论、振纪纲、重诏令、核名实、固邦本、饬武备六个方面提出改革的重大举措。
张居正在嘉靖年间，就曾经上书《论时政疏》，然杳无音信。此次上书，他满怀信心，要改变朝廷弊端，力求彻底改变大明状况。
《陈六事疏》内容:
“臣闻帝王之治天下，有大本，有急务；正心修身，建极以为臣民之表率者，图治之大本也；审几度势，更化宜民者，救时之急务也。大本虽立，而不能更化以善治，譬之琴瑟不调，不解而更张之，不可鼓也。恭惟我皇上，践祚以来，正身修德，讲学勤政，惓惓以敬天法祖为心，以节财爱民为务：图治之大本，即以立矣。但近来风俗人情，积习生弊，有颓靡不振之渐，有积重难反之几，若不稍加改易，恐无以新天下之耳目，一天下之心志。臣不揣愚陋，日夜思惟，谨就今时之所宜者，条为六事，开款上请，用备圣明采择。……”
一、省议论
臣闻天下之事，虑之贵详，行之贵力，谋在于众，断在于独。……
二、振纪纲
臣闻人主以一身而居乎兆民之上，临制四海之广，所以能使天下皆服从其教令，整齐而不乱者，纲纪而已……
三、重诏令
臣闻君者，主令者也，臣者行君之令而致之民者也。君不主令则无威，臣不行君之令而致之民则无法，斯大乱之道也……
四、核名实
臣闻人主之所以驭其臣者，赏罚用舍而已。欲用舍赏罚之当，在于综核名实而已，臣每见朝廷欲用一人当事者，辄有乏才之叹。……
五、固邦本
臣闻帝王之治，欲攘外者必先安内，书曰民为邦本，本固邦宁，自古极治之时不能无夷狄盗贼之患，唯百姓安乐家给人足则虽有外患而邦本深固自可无虞……
六、饬武备
臣惟当今之事其可虑者莫重于边防，庙堂之上所当日夜图画者亦莫急于边防。迩年以来虏患日深，边事久废，比者屡蒙。……