随后的日子，苏轼忙碌于赈灾、挖掘城外二井、治理西湖以及杭州与两浙西路其他六州的诸多事宜。
这天，苏轼来西湖视察，疏浚工程正在如火如荼地进行着，湖岸边堆积了大量的淤泥和葑草，场面一片狼藉。苏轼指着随处可见的淤泥，对如今兼管开湖司事宜的钱塘县尉许敦仁道：“挖出来的淤泥、葑草，你们打算如何处置？”
许敦仁道：“准备运往城郊。”
苏轼道：“眼下工程刚开始没多久就已经挖出来这么多淤泥和葑草，照这样的趋势，等西湖疏浚完了，只怕淤泥和葑草要堆积成山了。”
许敦仁心下疑惑，不堆积到城外，难道堆积到城里吗？他不明白苏轼这般发问是何用意，随即问道：“苏大人何意，下官不太明白。”
苏轼道：“将淤泥和葑草运往城郊一来影响环境，二来工程量太大，运输起来费时费力，要是有个便宜法子将这些淤泥和葑草处理一下就好了。”他看似在对许敦仁说，实则是在自言自语。
许敦仁道：“大人可有何计策？”
苏轼道：“容我想想。”说完他带领下属们踏上西湖长堤继续视察。西湖上原有一条东西向长堤供人穿行，一行人走了许久，苏轼突然停下脚步，回头看了眼走过的路，又看向前方的漫漫长堤，最后在原地转了个圈，环顾四周湖景，感慨道：”西湖如此之大，只有东西向有长堤，若是住在南北向的百姓想要去湖对岸，要不就得绕湖走上数十里，要不就得乘船，着实不便啊！要是南北向也有一条长堤供百姓往来通行就好了。”说到此，他突然拍了下脑门，道，“我们何不就地取材，利用河中挖出来的淤泥和葑草筑一条贯穿南北的长堤呢，如此既方便了百姓，又可以处理掉挖出来的淤泥和葑草，还可以免去运输之劳。”
众人纷纷表示此举甚好。
数日后。
苏轼将清理淤泥、葑草的民夫、士兵们分出来一部分筑堤。就这样西湖清淤、除草、筑堤同时进行。
由于经费、米粮有限，工程每拖一天就要多花一天的钱米，为了提高工作效率，苏轼决定亲自监督工程。考虑到杭州衙门离西湖太远，为了节约时间，他直接搬到了离西湖较近的钱塘门外的石佛院办公，如此便能兼顾衙门诸事和监督工程。
期间，苏轼经常跟着民夫一起吃工地的粗茶淡饭，全无知州架子。百姓们见状感动不已，皆卖力干活。
这天傍晚，阿九驾车来到石佛院接苏轼回家。马车缓缓行驶在夕阳下，大街上行人渐渐稀少，苏轼坐在车中闭目养神，马车突然减速，走走停停。他掀开窗帘见街边一家医馆人来人往，阻塞了街道。马车缓缓从人潮中穿行，苏轼看了眼医馆，对阿九道：“我记得这家医馆的大夫医术平平，难道换大夫了，才让生意突然好转？”
阿九道：“不是他家生意好转，是最近生病的人增多。”
苏轼疑惑道：“为何增多？”
阿九道：“不知道，也许是天气问题吧。”
马车继续在街道上行进着，没多久又路过一家医术较好的医馆。此时虽然已经黄昏，但是店里依旧人来人往，由此可知白天店内的盛况。苏轼道：“什么时候开始出现这种情况的，我竟然没发现？”
阿九道：“也就是这几天才出现的。官人最近白天不是在西湖附近活动，就是在石佛院办公，而晚上又经常夜宿石佛院，自然不清楚。”
苏轼根据以往在徐州、密州、湖州、黄州等地的生活经验，隐约察觉出一丝异样。
翌日。
石佛院。
苏轼将几名下属传至身前，道：“我看最近城中不少百姓生病，你们等下派人去城中各家医馆打探一下，将百姓们的患病情况报我。”
下午，下属们将打探好的情况告知苏轼。苏轼陷入了沉思，自言自语道：“城中不会兴起疫病了吧？”
一名官员道：“我让人统计了下各家医馆加起来也就百八十号人患病，相对于偌大的杭州城来说，这点人数真算不上疫病，大人实在多虑了。”
苏轼道：“也许吧，总之你们命人持续关注着城中各家医馆的接诊量，一旦发现患病人数呈激增之势，速来报我。”
一周后。
城中患病的百姓越来越多，所有医馆都挤满了人，此时苏轼已经可以断定城中爆发了瘟疫。水灾刚过就来旱灾，旱灾好不容易好转又来瘟疫。此次瘟疫爆发的速度不亚于当年黄州那场，苏轼心急如焚，命人四处寻访名医和懂得治病的僧人为百姓治病。然而数日过去，百姓的病情并没有好转。
这天，苏轼飞奔回家中，王闰之、王朝云见苏轼大白天回来，且直奔书斋，急忙冲了过去，见他翻箱倒柜找东西。王闰之问道：“子瞻，你在找什么？”
苏轼道：“我在找圣散子的药方。最近城中大夫、僧人们治了半天，百姓们的病情也不见好转，我看病症和之前黄州的那场疫病有点相似，不如用巢谷的那个药方试试，说不定有奇效。”
王朝云道：“是之前巢谷在黄州送你的那个治疗疫病的药方吗？”
苏轼道：“正是，多年不用，我都忘了放到哪儿了，你们快帮我找找。”
王闰之道：“你这是又要用这个药方救人吗？你忘了当年以江水为誓，说绝不外泄药方，不然葬身鱼腹之事了？”
苏轼道：“反正都违背誓言一次了，也不在乎多一次。只要能就百姓，就算被背信弃义，遭誓言反噬也在所不惜。你们赶紧帮我找找，找到了，我好去救人。”
由于家仆们不识字，王闰之叫来苏过、欧阳静、范烟霏来帮忙。大家找了半天，终于找到了夹在书里的圣散子的药方。苏轼激动地将药方揣入袖中，准备离开，被王闰之一把拉住。
王闰之道：“这次也准备像之前那样支起大锅熬药吗？我们也去帮忙吧。”
王朝云道：“对啊，之前我们弄过一次，也熟悉。”
苏轼点点头，道：“好，等我先回衙门部署一下，你们再来帮忙。”