在确立了“农战”国策之后，商鞅开始第三轮变法，目的是要全面加强中央集权，其重要政策有三项，分别是土地改革、统一度量衡和推广郡县制度，其对后世的影响非常之大。
土地改革的核心是“废井田，开阡陌”。井田制是一种土地国有制度，自商时就有文字记载，西周盛行。后世史家对之解释不一，按《孟子·滕文公上》中的记载，国家以九百亩为一个计算单位，把土地分隔成方块，形状像“井”字，周边为私田，中间为公田，各家分得百亩私田，同养公田。耕作之时，先要把公田的农活干完，才能各治私事。由此，春播秋割，守望相助。这一制度颇类似原始人民公社制。
到战国中期，随着人口的增加，井田制度已经败坏，公地私有化成普遍事实。商鞅宣布废除井田制，允许民众开荒耕作、买卖土地，这自然大大激发了民众的生产积极性，使变法的“农本思想”更加得以光大。很显然，在先秦时期，粮食是最为重要的战略物资，商鞅的一切变法都以此为根本，这可以说是典型的“唯生产力论”。
“废井田，开阡陌”是中国土地史上的重大变革。从此以后，土地私有化成为中国历史上最主要的土地所有制度。各朝代也有各种形式的公有土地，但是数量都远不及私有土地多。
第二个重要政策，是统一度量衡。
当时各国割据，从衡器到货币都极其混乱，即便在一国之内，也是标准不一，这对经济发展和国家治理当然非常不利。商鞅提出“平斗桶、权衡、丈尺。”斗桶指计算容积的衡器，权衡指计算重量的衡器，丈尺指计算长度的衡器。也就是说，他统一了全国的容积、重量、长度的度量标准。在今天的上海博物馆，仍可见到当年的青铜制“商鞅方升”，它铸造于秦孝公十八年（公元前344年），是商鞅散发给全国各地作标准的衡器。
第三个重要政策，是确立并推广郡县制度。
西周建立之时，分封诸侯，一共有上千个国家，几乎一个城池为一国。春秋初期，诸侯兼并剧烈，剩下160多国，到了战国年代，天下滔滔，只余十余国，最后成七雄争霸之局。国君为了统治及征战的需要，纷纷加强中央集权，兼并进来的土地不再分封出去，而是建立新的地方治理制度。春秋后期，县制开始推行，县令为一县之长，由国君直接任免，他们不再是世袭贵族，而是一批没有血缘关系的职业官僚。郡的设置较县为晚，秦国在秦穆公时期已有记载。
商鞅是一人独裁制度的拥趸者，在《修权》一文中，他认为，治理国家有三个要素，一是法，二是信，三是权。法律是君臣一起来拟定的，它的推行要靠信，而要法令通行，就必须保证国君的独裁。
为了达到这一目的，商鞅完善并推广了郡县制的地方管理体系。他把小乡、邑合聚为县，设立县令、县丞、县尉等职务，组成县署，全国共分三十一个县，后来每征伐下一块土地，就增设一县。与分封制最大的不同是，郡守和县令都由皇帝直接任免，不得世袭。各地方长官于每年秋冬向中央朝廷申报一年的治状，中央据此对其进行考核，奖功罚过。
郡县制成为秦国的治国基础。这一制度有效地加强了中央集权，是中国官僚制度的根本。明末清初的思想家王夫之在《读通鉴论》中就说，“郡县之制垂二千年而弗能改矣，合古今上下皆安之，势之所趋，岂非理而能然哉？”当代史学家唐德刚从国家管理模式角度分析认为，中国三千年可分为部落制、封建制和郡县制三个阶段，商鞅之后，几无大变。甚至，一直到今天，中国的省市县治理模式仍然没有跳出其藩篱。
商鞅的三轮变法，前后长达十余年，循序渐进，丝环相扣。他的强国之术堪称中国历史――乃至世界史上最残酷和严厉的一种，是一次激进的国家主义试验，在经济模式上则体现为“命令型的计划经济”。在他的治下，秦国成为了一个让人望而生畏的“虎狼之国”，举国上下蔓延着极端功利主义的进取氛围，每个秦国人其实都成了国家的工具，宛若后世出土的那些兵马俑，人人面无表情而无比强悍。
商鞅的治国思想中有强烈的反智、愚民和好战的特征。
跟曾经当过商人的管仲及经商致富的范蠡等人相比，商鞅对商人阶层不但毫无感情，而且视之为仇雠。在他当国之时，国家管制了“山泽之利”（矿山开发）、粮食买卖和旅店经营，自由商人几乎被消灭。同时，他对知识分子也非常仇视，他认为国有“五害”，分别是儒家学者、商贾、隐士、手工业者和勇士，在《农战》一文中，他毫不客气地说，“有这些人存在，敌人来到，一定打败仗，敌人不来，则一定很贫穷。把这些人赶走，敌人不敢来，来了也会被打败。去讨伐别国，一定能战胜，不去讨伐，则一定能富足。”他更形象地说，“有一千个农战之民，而只要有一个读《诗》和《书》的文士在，那千人就会懈怠。有一百个农战之民，而只要有一个有技艺的人在，那百人就会懈怠。”所以，这些文人和有技艺者必须彻底清除，“重刑而连其罪”。在《战国策·秦策》中还记载，商鞅曾向秦孝公提出要“焚书”，虽然不知有没有执行，不过一百多年之后，他的思想继承者还是完成了这个工作。
在商鞅的经济思想中，“强国”与“富民”似乎是对立的。他极端地认为，人民不但不应该有思考的能力，而且绝对不能够富足。
自古以来，如何解决分配问题，缓和贫富对立，是历代思想家和理财家所共同关注的“第一命题”，早在《晏子春秋·内篇》中就出现了“权有无，均贫富”的观点。诸子百家对此各有分析。
儒家的孔子提出“不患寡而患不均，不患贫而患不安”，他认为最好的状态是“均无贫”――类似于福利社会，他还主张“藏富于民”，认为“百姓足，君孰与不足；百姓不足，君孰与足”（《论语·颜渊》），但这些理想如何实现，他没有具体的办法。老庄的道家也主张均贫富，其实现方式是“损有余以补不足。”
与儒、道不同，墨子则承认富贵贫贱的适当差别的存在，惟要求可以相互转化，其转化方式取决于一个人的贤与不肖，他不同意儒家“藏富于民”的观点，主张应该先让国家富起来，所谓“官府实而财不散。”
上述几位经典思想家对贫富问题的分析比较抽象，那些真正掌握国纲的理财家则提出了具体的办法，比如，管仲主张用价格政策为工具来缩短贫富分配不均的差距。到了商鞅，走到了“强国贫民”的极端。
商鞅也反对贫富悬殊，认为“治国之举，贵令贫者富，富者贫”，不过在他看来，理想的状态是让人民始终处在同样的贫穷线上，最好的状态是家里没有一点多余的粮食（“家不积粟”），以保持饥饿进取的精神面貌。强兵就必须使民弱、民怯和民愚，这样的人民通过重刑或重赏即可变成为勇敢而凶猛的战士。而一旦社会出现贫富差距变大的情况，就应该动用国家机器，用行政剥夺的方式来实现均衡，这就是所谓的“贫者益之以刑则富，富者损之以赏则贫。”很显然，商鞅把人民的贫困与无知看成是国家兵源和社会稳定的必要条件。
商鞅的这种极端主义思想，在后世已成绝响。不过必须指出的是，后来的治国者们，尽管再不敢象商鞅如此说的直白、干的决绝，却也并非没有效尤者，至少有两个理念顽强地留存了下来。第一，不能让民众太富足、太有思想的潜意识却一直存在了下来，最终变成了一种系统化的愚民政策。第二，绝大多数的治国者把国家强大远远放在民众富足之前，强调“国强民安”，而不是“国强民富”，所谓“安”者，年份好的时候，有口饭吃，饥荒到来的时候，不饿死，这已是最大的善政。
在商鞅的强国之术中，打仗是第一要义，这是检验变法成功的唯一标准。
其实在他的治国逻辑中，战争是起点，也是终点，并且循环往复不应该停止：民众都去耕作了，粮食就会迅猛增加，打仗就有了物资，然后用军爵制度激发人民战斗的热情，攻城掠地之后，土地和人口又增加了，就可以扩大农耕，继续发动下一场战争。如此，国家就成了一台强大而无比恐怖的战争机器，人民则成了无知无畏的杀戮之士。
在他看来，战争是让国家强大和稳定的最好办法。在《靳令》一文中，他说，“国家贫穷就要去打仗，可以把毒气输送到敌人那里，就没有象文士、商人那样的国害，一定会强大。国家富足而不发动战争，就会懒惰懈怠，出现文士、商人那样的国害，一定会羸弱下去。”总之，穷了要打，富了更要打。
正是在这种“备战备荒为打仗”、“把战争进行到底”的战略支配下，秦国成为战国列强中最可怕的国家，“兵革大强，诸侯畏惧”。到秦孝公十九年（公元前343年），周天子封赏秦孝公，授予他有“兴兵约盟，以信义矫世”的权力，第二年，诸侯都前来祝贺，然后由秦国率领，一起去朝拜周天子。这一仪式表明，在商鞅的辅佐下，秦孝公终成战国霸主，重现了先祖秦穆公当年的盛况。
后世将商鞅归为法家。纵观战国时期，法家并非显学，孟子曾说，“杨朱、墨翟之言盛天下，天下之言，不归杨则归墨。”
孟子(公元前372年－公元前289年)是自孔子之后的第二个重要儒学思想家，号称“亚圣”，他比商鞅小18岁，是同时代人。当商鞅在秦国大行变法之时，孟子正在东方各国游说，而商鞅被处死后，孟子还在齐国和梁国之间奔波，他很可能耳闻了商鞅的整个变法过程。比较两人治国及经济思想，可以看到截然的差异。
在《孟子·梁惠王》中，齐宣王向孟子求教“王政之道”，孟子给出的答案是“耕者九一，仕者世禄”，也就是说，他坚持恢复井田制，并拥护贵族世袭体制。孟子特别欣赏那种各守其职、疾病相扶的公社生活，在另外一次与滕文公的交谈中，他还特别设计了一套混合的土地制度：给每农户五亩宅、百亩田，使民“仰足以事父母，俯足以畜妻子，乐岁终身饱”。税赋政策上，孟子提倡实施富民政策和减轻赋税，“易其田畴，薄其税敛，民可使富也。”他的“薄税敛”包括：商舍不征税，也不征货物税、房地税和无职业者的人头税，只征单一的农业税，即相当农民收获九分之一的劳动地租。很显然，商鞅的“废井田，开阡陌”以及废除世袭、实施军爵的政策与孟子的主张背道而驰，并在生产力的激发上更为高效。
孟子常年在东方各国游走，那里的政治文明呈现百花齐放的自由化状态，与西北的铁血秦国形成鲜明的对比。相对于商鞅的严苛管制和强调中央集权，孟子则强调仁义治国，“国君好仁，天下无敌焉”。他更提出民众比国君更为重要的民本思想，“民为贵，社稷次之，君为轻”。这些在商鞅听来，肯定是可笑的无稽之谈、祸国妖言。
商鞅与孟子的思想迥异，是思想史上一个特别值得研究的景象，这两人实际对历史的影响也耐人寻味。
孟子终其一生，郁郁不得志，对时局衍变几无作用，但是他所主张的儒家学说在战国末期渐成主流，在秦以外的六国地位被广为传播和接受，商鞅之后的法家集大成者韩非子就说，“世之显学，儒、墨也。”
相对比，商鞅长期被视为“异端”，在知识阶层，以谈论商鞅为耻。但是，他彻底改变了战国乃至后来中国的政治和经济生态，甚至，以两千年的历史跨度而论，商鞅的基本治国理念被顽强地延续了下来，他的核心理念被众多的独裁者所沿袭，在很多朝代，实际上呈现出“半法半儒”、“儒表法里”的景象，所谓“百代都行秦政法”，“商鞅主义”的幽灵从来没有从中国消失过。
若以治国理念而论，从管仲对中央集权的最初试验，到商鞅将之演绎到恐怖的极权主义，可以说，影响中国千年历史的治国模式到此已基本定型。管仲与商鞅，赫然如钟摆的两端，后来的治国者无非在两者之间彷徨选择，竟从来没有逃出他们设定的逻辑。
就在当上霸主的四年后，公元前338年，秦孝公驾崩，商鞅随之被处以车裂的极刑，并诛灭全家。
在过去的二十二年里，秦孝公与商鞅铁腕变法，固然让国家强盛，却也结怨无数。商鞅每次出门都如临大敌，需有十多辆兵车保护，重甲持矛的士兵同车护卫。据《战国策》记载，秦孝公病重时曾萌生了把王位传给商鞅的念头，鞅“辞不受”。孝公一亡，继位的秦惠公及宗室贵族当即群起攻之。商鞅举家逃亡，来到一个叫关下的地方，想投靠旅舍，旅舍的主事不认识商鞅，说，“我不能接待你，商君的法令规定，让人投宿而没有验明身份的，会遭受连坐之罪。”商鞅仰天哀叹道，“嗟乎，为法之弊，一至此哉。”